La respuesta remitida al juzgado por el fiscal del caso, Miguel Angel Carballo, ha sido que la propia referencia a la sentencia del 11-M que la AVT incorpora en su escrito debería llevar al rechazo de la petición, ya que prueba que la materia fue tratada en el juicio por la masacre, y hay que remitirse al resultado que allí se obtuvo. El fiscal también subraya que las diligencias aún abiertas en la Audiencia con relación a las vinculadas a los atentados se centran en la localización de presuntos autores o colaboradores que huyeron o que siguen sin identificar, así como a quienes pudieran haberles ayudado.

Las peticiones incluían que se reprodujese una explosión en un vagón de las mismas características que los del 11-M, «realizando diferentes pruebas de explosivos Goma 2 ECO, Goma 2 EC y Titadyn». El objetivo es determinar «qué tipo de explosivo pudo ser utilizado en los trenes», así como su cantidad y el tipo de iniciador que pudo utilizarse.

Para justificar ésta y otras peticiones, la AVT argumentaba que la sentencia de la Audiencia Nacional reforzaba la necesidad de practicar las diligencias, ya que no despejaba completamente las dudas sobre el explosivo empleado. Principalmente, que «no se sabe con absoluta certeza la marca de la dinamita que explotó en los trenes, pero toda o gran parte de ella procedía de Mina Conchita».

Según la asociación, «si no se sabe con absoluta, ni regular, certeza la marca del explosivo que explotó en los trenes -hay dinamitas plásticas tipo goma de diferentes composiciones y marcas, que tienen distintos orígenes-, no se podrán realizar las investigaciones necesarias para conocer si hubo uno o varios suministradores, quiénes fueron y a quiénes se lo facilitaron, y, por lo tanto, a los autores intelectuales, materiales, cómplices y resto de personas que, de una forma u otra, hayan participado en el atentado».

La AVT también reclamaba una pericial sobre los explosivos fabricados en España, Francia y Austria desde 1999, que contengan elementos detectados en la investigación que no forman parte de la Goma 2 ECO empleada mayoritariamente en la masacre. Principalmente, DNT y nitroglicerina.

Igualmente, pedía «los libros de registro de los explosivos que se encuentren en cualquier dependencia, almacén, cuarto, etcétera, del centro policial de Canillas, especialmente de los Tedax y de la Policía Científica, así como el inventario y la cantidad de explosivos almacenados en cada uno de ellos».

También solicitaba que se analice pericialmente el ambiente en el que estaban almacenados los restos -no se hizo durante la pericial principal- para comprobar si es posible que se produjera la contaminación esgrimida por la Policía Científica.

Todas las medidas fueron planteadas por primera vez en mayo de 2007. Entonces, tanto la Fiscalía como Del Olmo consideraron necesario esperar a que se dictase la sentencia del 11-M. En febrero, con la sentencia en la mano, la AVT reiteró sus peticiones.