En el año 1499 comenzó a hacer del antiguo Studium General de Alcalá de Henares (donde él mismo se había formado) la Universitas Complutensis, un centro para educar al clérigo –regular y secular– del que dependerían los reinos de España. En pocos años, Alcalá se había convertido en sede de una aristocracia universitaria que daría vida al Siglo de Oro español.

El cardenal no escatimó esfuerzos en su hazaña intelectual, logró una financiación generosa y dotó a su Colegio-Universidad de completas infraestructuras y de los mejores maestros de la época.

Dio además forma legal a su modelo de educación superior y redactó los estatutos en los que se detallaban y regulaban tanto los aspectos de la vida académica, como los de la vida cotidiana de estudiantes y miembros de los colegios. Dichas normas establecían que la autoridad académica, jurídica y económica recaía sobre la figura del rector, elegido anualmente por los colegiales que junto a su matriculación juraban el obediendi rectori. En 1510 la Universidad ya contaba con una Constitución que la consolidaba como entidad.

El primer rector fue Pedro del Campo, cuya toma de posesión se celebró el 17 de octubre de 1508. Al día siguiente, en la parroquia de Santiago se celebró la solemne inauguración del curso y comenzaron a impartirse las primeras clases de la Universidad de Alcalá con bachilleres llegados de Salamanca.

Existían entonces 13 cátedras. La Teología fue la primera especialización de esta Universidad. Pronto adquirirían gran prestigio las enseñanzas de Medicina, las Artes Liberales y el Derecho Canónico. Entorno al Colegio Mayor de San Ildefonso, primer aulario de la Universidad, el cardenal Cisneros fundó siete colegios menores. En 1513 la villa universitaria ya había duplicado su extensión y la población estudiantil superaba los 4.000.

Maestros y estudiantes fueron cosechando el prestigio de la, entonces, Universidad Complutense, hasta situarla entre los principales centros de la excelencia académica –en España destacaban Salamanca y Valladolid, mientras los mejores modelos europeos estaban en París y Bolonia–.

Durante los siglos XVI y XVII sus aulas acogieron a distinguidos profesores y brillantes alumnos que, de una u otra forma, contribuyeron a la primera gran manifestación cultural de la Edad Moderna: el Renacentismo.

Su época dorada llegó hasta finales del siglo XVII. Con la Ilustración se produjo el declive y en 1836 se trasladó a la capital del Reino de España, donde se la denominó Universidad Central (actual Complutense de Madrid) y se erigió como modelo de los nuevos sistemas liberales de enseñanza.

Con el fin de evitar su expolio, el edificio fue comprado por vecinos alcalaínos. Los nuevos propietarios constituyeron la Sociedad de Condueños de los antiguos colegios mayores y menores y, gracias a su tesón, en 1977 renace la Universidad de Alcalá de Henares.